Desde os tempos antigos, existem três níveis dentro de uma organização ninja, eles são conhecidos como Jonin, Chunin e Genin. Assim como nas grandes organizações sociais, existem o Alto Nível de Direção, Nível Médio e Direção Linha de Frente / Baixo Nível de Direção, e com o Ninjitsu não é diferente.
É preciso lembrar também que geralmente os ninjas nascem em uma família ou clã de ninjas, portanto, um ninja já nasce como um ninja e morre como um ninja. Quando criança, seu treinamento ninja começa com brincadeiras simples de crianças, como se equilibrar, pular, escalar, correr, etc. À medida que o ninja avança para a sua adolescência, sua formação assume mais competências práticas, como o combate desarmado e armado. Quando os ninjas atingem a idade adulta, eles aprendem outras habilidades importantes, como andar em silêncio, lutar no escuro, noções de anatomia, espionagem, etc.
Hierarquia de Clã
Os postos do clã são determinados por um numero de critérios. As capacidades do Ninja em combate e investigação são tão importantes quanto sua posição social dentro do clã. É importante que um lutador seja perito em todos os aspectos do modo de vida Ninja para subir de posto.
Genin: O genin é o agente ninja, enviado para exercer as funções mais básicas. Os ninjas tornam-se Genins quando atingem a idade adulta, quando os mais velhos passam a lhe ordenar missões com objetivos e perigos variados. Não é incomum que ninjas morram durante esta fase, devido à falta de preparo ou inaptidão para o estilo ninja de viver. Um personagem Ninja precisa ter pelo menos um ponto em todas as habilidades comuns para qualificar o Ninja como um Genin.
Chunin: Os chunins intermediam as ordens dos Jonins e encarregam os Genim de suas missões. Também não é incomum vê-los liderando missões junto de Genins. Eles são responsáveis pelos projetos das missões, atuam como guias e criam as estratégias. O Chunin também é o responsável pela seleção dos Genim para as missões, pois conhece o perfil de cada Genin sob sua tutela. Um personagem Ninja precisa ter pelo menos três pontos em todas as habilidades comuns para qualificar o Ninja como um Chunin.
Jonin: O Jonin é o líder do clã ninja a que pertence, a sua identidade é comumente protegida por sigilo, ninguém sabe quem é essa pessoa sem a máscara, e na maioria das vezes, nem mesmo os Chunin mais próximos sabem. Isso é para proteger os agentes ninja e o próprio clã, uma vez que o assassinato do Jonin de um clã comumente significa a ruína do clã, caso um novo Jonin não esteja pronto a assumir o posto. Eles são os únicos que decidem as missões e passam os dados das mesmas para os Chunin delegarem as tarefas. Um personagem Ninja precisa ter pelo menos cinco pontos em nada menos do que cinco habilidades diferentes, assim como deve ter três pontos nas habilidades restantes, para se tornar um Jonin. Neste posto um Ninja pode começar seu próprio clã; se ele for um mestre, ele também pode ensinar aos estudantes os caminhos do Ninjitsu.
A vida de um ninja e sua formação é muito dura, muito além do treinamento dos outros Estilos de Luta. O mais próximo do treinamento ninja que encontramos em outras artes marciais é o duro treinamento militar que os membros das Forças Especiais tem de seguir.
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